봉정사는 한국에서 가장 오래된 목조건물이 있는 곳으로 알려졌으나, 6.25 전쟁 때 사찰에 있던 경전과 사지(寺誌) 등이 소실되어, 몇 가지 설화 외에는 그 역사의 근거가 되는 구체적인 기록이 남아 있지 않다. 신라 문무왕 때 의상대사가 창건했다는 설과 의상대사의 제자인 능인대덕이 창건했다는 설이 있다. 이 설에 의하면, 신라 문무왕 12년(672)에 능인대덕이 수도를 한 후 도력으로 종이 봉황을 만들어 날렸는데,이 종이 봉황이 앉은 곳에 절을 짓고 봉황새 봉(鳳)자에 머무를 정(停)자를 따서 봉정사라고 이름지었다고 한다.
창건 이후의 구체적인 역사도 전하지 않지만, 참선도량(參禪道場)으로 이름을 떨쳤을 때에는 부속 암자가 9개나 있었다고 전한다. 1972년에 실시된 극락전 해체 복원 작업에서 발견된 상량문에 고려 공민왕 12년(1363)에 극락전의 옥개부를 중수했다는 기록이 았어, 가장 오래된 목조건물로 인정받아 국보15호로 인정되었다. 극락전의 건립 연대는 적어도 12세기 이전으로 추정된다.
2000년 2월의 대웅전 지붕보수공사 과정에서는 사찰의 창건 연대를 기록한 상량문이 발견되었고, 대웅전 내 목조 불단에서는 고려말에 제작한 묵서가 발견되었다. 상량문은 1435년 쓴 것으로 창건 후 500여 년 만에 사찰을 중창한다는 구절과 봉정사의 사찰 규모에 대한 기록이 있어 창건 연대의 추정이 가능하게 되었다. 또한 신축, 단청을 한 시기, 임금으로부터 하사받은 토지 등의 내용에 미루어볼 때, 조선초 당시 봉정사는 <팔만대장경>을 보유했으며, 500여결(1만여 평)의 논밭과 100여 명의 스님이 안거하던 대찰이었던 것으로 밝혀졌다.
